市（地）级人民政府组织对本行政区域内粮食库存情况进行全面普查，是这次粮食清仓查库的关键阶段，也是检查工作任务最为繁重的阶段。按照清仓查库进度安排，从4月5日开始，各地陆续开展市级普查。目前，普查阶段的现场检查工作全面结束，转入普查数据审核、汇总和普查工作报告起草环节。初步统计，全国共派出2600多个普查工作组，对纳入检查范围的粮食库存进行了全面清查。从各地反映的情况看，普查工作进展总体顺利。为保证普查工作进度和质量，各地主要采取了以下措施。
    一是做好普查的各项准备工作。各市（地）按照统一抽调原则，从清仓查库成员单位和各县抽调了参加过省级培训的实物检查、账务检查和库贷核查等方面的专业人员，实行混合编组、综合交叉，由清仓查库成员单位领导同志带队。库存统计数据合并登统表是落实在地原则开展普查的依据，各省（区、市）在市级普查开始前，及时将合并登统表下达到市（地）粮食清仓查库工作领导小组办公室。各地根据普查工作需要，提前落实移动式散粮自动秤、激光测距仪、水分测定仪等查库器具。江西省为确保检查数据的安全，专门为各市、县配备了保密专用笔记本电脑。河北、辽宁、福建等省在普查工作开始前即向市（地）预拨了查库经费。
    二是开展普查动员和培训。各市（地）在普查工作展开前，普遍召开了普查动员会议，进一步明确普查工作任务和要求，切实做到“有仓必到、有粮必查、有账必核、查必彻底”。北京、河北、内蒙古、辽宁和安徽等省的有关市（地）对所有普查人员进行集中培训，进一步熟悉普查的内容、方法和程序。浙江省各市及辽宁省沈阳、大连、葫芦岛等市还对照普查工作方案，组织了实战演练。
    三是严明纪律，落实责任。各地在普查动员和培训会上进一步强调了工作纪律和廉政纪律，要求做到阳光清查、廉洁清查。北京市明确了普查工作组组长的职责；河南省明确各市（地）行政领导对普查工作负责，普查工作组对行政领导负责。山西省要求所有清查人员都要对清查结果签字确认，今后一旦发现问题，严肃追究责任；山西省晋中、朔州等市、陕西省汉中市实行清仓查库成员单位领导分片包县，责任到人；新疆乌鲁木齐市清仓查库办公室与检查工作组人员签订了廉洁自律责任书。
   四是积极开展督促指导。市（地）普查期间，省、市两级清仓查库领导小组派出普查巡视工作组，对各地普查工作进行督促、指导，确保清查工作不走过场。督导的主要内容包括：人员编组是否科学，操作程序是否规范，表格填写是否准确，进度安排是否合理，工作态度是否认真。浙江、安徽等省政府领导亲自带队，到普查工作一线视察，慰问企业和普查工作人员。江苏省向各市派驻普查工作联络员。黑龙江省指导各地正确处理好清仓查库和粮食购销的关系，坚持“两手抓，两不误”。普查一定要完全彻底，不漏一库、不空一点。中储粮总公司和华粮物流集团公司等企业向直属企业下发通知，督促直属企业积极配合当地政府做好库存检查工作。
   五是主动邀请人大代表、政协委员进行监督。省、市两级粮食清仓查库工作领导小组办公室积极与当地人大和政协机关沟通，及时汇报清仓查库有关政策精神和工作进展情况，并邀请人大代表、政协委员以多种形式参与监督，认真听取人大代表和政协委员对粮食工作和清仓查库的意见，提高了清查工作的透明度和公信力。